Най-накрая Лутер получава добър съвет, който му дава неговият духовен наставник, викарият на августинския орден в Германия Йохан фон Щаупиц, който е благочестив и добър човек. Щаупиц се оказва единственият мъдър съветник, когото Лутер ще намери през този период на търсене и терзание. Щаупиц не дава на Мартин Лутер отговора, който търси, но насочва търсенето му в правилната посока. Давайки си сметка за очевидната природна интелигентност и изключителния ум на Лутер, съчетани с моралната му чистота, неподкупност и честност, Йохан фон Щаупиц насърчава своя млад приятел да се завърне към ученето и да направи докторат по теология, да стане професор по богословие и преподавател по библейска теология. Той си казва, че Лутер може би ще отрие отговора, който не е успял да намери в практиките на манастира, в посещението на Рим и в поклонението на светите места и реликвите, но може би ще го открие в изучаването на Библията. Това е моментът, в който Мартин Лутер за първи път започва да изучава Библията.
Това ще произведе неподозиран от никого ефект върху живота му, защото Писанията говорят за вярата в Бога по напълно различен начин от този, който до този момент той е познавал, а църквата, която е описана в Библията, е много по-различна от църквата, в която Лутер се е родил и израснал. Но промяната в Лутер е по-скоро еволюционна, отколкото революционна. Откровението за истината започва да расте в него постепенно, точно както Исус Христос казва, че става с посятото зърно – земята сама по себе си произвежда първо стрък, после клас, след това пълно зърно в класа. (Марк 4:28) Нещата не се случват, когато Лутер за първи път отваря Библията си. Светлината и прозрението не идват изведнъж върху него, разбирането и вярата му растат бавно, но постоянно. След като завършва докторската си степен, Лутер последва съвета на своя приятел и започва да преподава теология в Университета във Витенберг. Той започва да преподава върху книгата Псалми, което го довежда до още по-голямо отчаяние. Но след това през 1515 година Мартин Лутер, който в този момент е на 32 години, започва да изучава книгата Римляни. Там още в първите глави той стига до един текст, който ще промени живота му завинаги. През този период на интензивно четене на Библията, сравнявайки практиките на католическата църква от своето време с практиките на ранната църква в Библията, Лутер осъзнава, че разминаванията са твърде съществени. Това го кара да започне и своите първи сериозни теологически разговори със своя духовен наставник Йохан Фон Щаупиц за начина, по който човек се спасява, за ролята на поклонението пред реликвите и за вида вяра в Бога, която имат хората. Лутер е притеснен, че прекалената символика, установена в църквата, подхлъзва обикновените хора към сляпа, суеверна вяра и ги ограбва от семплата и разбираема вяра, за която говори Библията.